近未来、地球温暖化により世界規模の海面上昇が進行した世界。自動二脚と呼ばれる巨大ロボットが復興支援、環境整備のため活用されていた。 自動二脚操縦者養成のための教習高校に、突然テロリストが襲来し、全校生徒が人質に取られた。 たまたま学校をサボっていた主人公は校外に逃れたが、事件解決のため国防隊（旧自衛隊）の作戦に参加する羽目に。 作戦内容は国防隊の自動二脚に乗り、学校の地下から校内に潜入し、敵の情報を入手すること。 うまく潜入を果たしたと思った矢先、校内では生徒が自動二脚で襲われていた。逆上した主人公は作戦を無視して単身で突入、敵と交戦する。 撃退したものの通信システムが故障したため孤立し、主人公は敵の只中に取り残される。 仕掛けられた爆弾の刻限が迫る中、人質に取られた想い人を助けるべく奮闘するが、さまざまな危機が待ち構えていた。