大型魔導飛水陸戦艦アーク・ノヴァ・セレスティアは、空を飛び、水を潜り、陸を自在に移動する人類史上最強の万能戦艦。 明るく紳士的な若き艦長・寺田ヒロキ、冷静沈着な秘書官・アオイ、そして戦艦の意識体である美しきAI・アイエと共に、未知の脅威に挑む。 連合軍の陰謀、深海の魔導怪物、浮遊要塞との壮絶な戦いの中で、ヒロキたちは仲間との絆を深めていく。 傷つきながらも前を向く彼らと、万能戦艦セレスティアの壮大な物語が今、始まる——。