外宇宙から突如飛来した宇宙船団、そこに乗っていた２つの種族の人々は自らをかつて地球で暮らしていた者の末裔にして、かつての日本の先住民であると宣言し、地球人及び日本人との共存を望む。 紆余曲折を経て、何とか友好関係を結んだ先住民を名乗る二種族の宇宙人たちと日本人。しかしそんな中、かつて他の二種族と行動をともにしながらその方針の違いから敵対し、宇宙の果てに飛ばされたもう一つの種族が日本人のせん滅を掲げて姿を現す。 共存を望むものと闘争を望むもの、様々な思惑が交差する中、三つの種族の子弟たちが共に学び成長してきた海上統合学園島「オオナムチ」の子どもたちが歴史を揺り動かす事態へと挑んでいくことになる。