人と妖怪が共存する結界都市・京都特区。 九尾の狐の末裔でありながら人間との半妖である少年・瑞希俊太郎は、亡き母の遺言により、母の母校である全寮制女子校・和泉女学院へ「犬山瑞希」として女装入学することになる。 父から“恐れられる九尾”として育てられてきた瑞希は、罪悪感と不安を抱えながらも、明るい雪女や、大天狗の令嬢、その他たくさんのクラスメイトと出会い、少しずつ学校に馴染んでいく。 しかし、旧校舎の噂をきっかけに、瑞希は怪異事件に巻き込まれる。 その際、瑞希は怪異をただ祓うのではなく、その奥にある寂しさや恐れを聞こうとする。 これは、恐ろしい血筋を持つ少年が、嘘から始まった居場所で、誰かを照らす火の使い方を見つけていく物語。