幼い頃から、狭間零（はざま れい）は“何か”を見ていた。 白い霧に溶ける鳥居。遠くから響く少女の声。 祖父に「ただの乱視だ」と封じられ、黒縁メガネの奥に押し込めてきたその“何か”を、零はただの幻だと信じて生きてきた。 都内の進学校・霧狭間高等学校（きりはざま こうとうがっこう）の全寮制男子寮「幽境寮（ゆうきょうりょう）」で、平凡を装う毎日を送っていた零は、幼馴染の藤原 時綱（ふじわら ときつな）に無理やりオカルト同好会へ連れ込まれる。 そこで出会ったひとつ上の先輩・白峰 麗華（しらみね れいか）から、神隠しの話を聞かされた直後—— いつものようにふざけ合った拍子にメガネが壊れ、急遽新しい細フレームのメガネに替えたその夜から、零の視界は狂い始めた。 白い霧。歪む鳥居。遠くから聞こえる少女の声。「げて……逃げて零っ！！」そして、祖父によって封じられていた記憶が蘇る。 実は自分には2つ上の姉・美月（みづき）がいて、8年前に故郷・幽境村（ゆうきょうむら）で神隠しに遭っていたこと。 そして、自分の左目が“幽境の狭間”——古代と現代が溶け合う異界——を視ることができるという、恐ろしい真実。 夏休み、麗華主催の「幽境村 神隠し伝説」調査旅行に乗って故郷へ帰った零は、ついに本物の神隠しに遭う。 狭間の中で出会った平安時代の巫女・櫻姫（さくらひめ）は、静かに告げた。「お前は幼い頃から、この世界の理（ことわり）を視えていた」と。 零に宿った力――刻逆の理（こくぎゃくのことわり）。 時間を“零”に留め、“刻”を逆行させ、世界の理そのものに干渉する力だ。失われた姉・美月。 零の左目に語りかける妖艶な敵・影桜（かげざくら）。 そして、時綱がずっと隠し続けてきた、8年前の真実。過去と現在が折り重なる狭間で、零は問われる。 「お前は、視えてしまった理を、どこまで受け入れる？」静かな日常はすでに崩れ、零の左目に映る白い霧は、日に日に濃くなっていく——。 やがてその力は、最強の理干渉「黄泉返し」へと至る。 しかし黄泉返しの代償は、想像を絶するものだった。失われた者たちを現代に還す代わりに、現代の理に適合しない彼らは、ゆっくりと狂い始める。 零は左目に刻印を残したまま、問い続ける。 「本当に、みんなを救ったのか？」 白い霧は、まだ終わらない。