緋芽花・Ｈ・シャルロットは名探偵である先祖の職業を継ぎ、探偵として日々を過ごしていた。 ある日、同居人である白葉・Ｊ・ワトソンの電子端末にある連続殺人事件の情報が届いた。 それは、日本で百年前のロンドンで起きたジャック・ザ・リッパーの事件によく似た手口で主に女性が殺されているとゆうものだった。 これに興味を抱いたホームズ達は早速日本に向かって飛び立った。 その頃、甲洋学園に通う湖月 静歌は嫌な夢を見て目が覚めた、それが何であったかは思い出せなかったが母親の代わりに世話をしてくれていたセフィリに見送られ学校に向かった。 友達の高嶺 望美や幼馴染みで憧れの歌手であるアネモネス・アイリーン・アドラー、兄が刑事をやっている炬 朧達に囲まれて退屈ながらも平穏な日々を送っていたが平和の象徴のような街で連続殺人事件が多発している事に一抹の不安を感じていた。 一方、ホームズとワトソンは捜査を始めるうちにこの事件に〝Ｊ〟以上の超大物が関わっているかもしれないと予感していた、その人物とはホームズの宿敵であり、犯罪界にその名を轟かせる〝異端の魔女〟ことジェシカ・モリアーティ教授の影であった。 さらに静歌と重要参考人であった望美から重要な証言を聞いた、それは望美が目撃した殺人現場後にア ネモネスらしき人影を見たとの事だった。 早速、アネモネスに話を聞き、事件の核心に触れたホームズ達であったが事件の関係者であったセフィリは〝Ｊ〟によって殺されてしまい白葉も重傷を負わされてしまった。 怒りに燃えるホームズだったが、ワトソンからの手紙によって冷静さを取り戻し〝Ｊ〟との決着に向かった。 そこで犯人であった静歌との戦いに勝利したホームズは二度と血に潜む殺人鬼が目覚めないようにセフィリから託された完成されたワクチンを握らせて静歌を見逃すのだった。 こうして、百年前に捕まる事の無かった殺人鬼はこうしていなくなったのであった。