国家の暗部として存在した暗殺者育成機関で育った少年・影山朔夜。 機関は解体され、社会復帰のため高校へ通うことになる。 しかし、常識を知らず、人を殺す技術しか教わってこなかった朔夜は、学校で起きた些細なトラブルをきっかけに異常な力を発現させてしまう。 その瞬間、謎の少女の声が響き、朔夜の運命は大きく狂い始める。 やがて朔夜は理由も分からぬまま裁かれ、死刑判決を受ける。 そして死刑執行の日――目を覚ました彼がいたのは、滅びかけた異世界だった。 そこは、人々の罪が暴かれ、嫌悪された時に怪物へと変貌する世界。 戦争、疫病、飢餓、汚染、混沌、絶望――六体の終焉種によって文明は崩壊寸前に追い込まれていた。 「終焉種をすべて倒せば、元の世界へ帰れるよ」 そう告げたのは、死の直前に聞いた声と同じ少女――フィア。 これは、世界から死刑を宣告された少年が、終焉に抗う物語。