모든 것을 먹어 치우는 거대 생물 「아라가미」에게 유일하게 대항할 수 있는 「신기」를 갖춘 전투원 「갓이터」. 갓이터인 아리사와 소마는 임무 중에 조난되어 낯선 마을 「네모스 디아나」에 도착한다. 어느 날 신기 제어에 간섭하는 아라가미가 마을을 습격한다. 위험에 빠진 아리사 일행 앞에 의문의 기체 「신기병」이 나타나는데―?! 『GOD EATER BURST』부터 『GOD EATER 2』로 이어지는 이야기!