卒業式の日、3年2組の三十人は異世界ロギアに転生した。 そこはスマホも電車もSNSもある、現代日本によく似た世界。 ただし、世界各地には人を襲うダンジョンが存在していた。 十六年後、再集結したクラスメイトたちは、それぞれのスキルを使ってダンジョン攻略を始める。 主人公・神井観流の能力は、素材を作り変える「デバッグ」の力。けれどそれは、世界そのものを書き換えかねない危険な力でもあった。 潰しても増えるダンジョン。前線から離れていく仲間たち。 そして最深部で、彼らは衝撃の事実を知る。 3年2組は、世界の傷を直すために最後のデバッグへ挑む。