ในปี 1970 จอมปราชญ์ อิชิคามิ มินาโตะ ได้กอบกู้โลกด้วยการทำลายเทพปีศาจและกองกำลังผู้รุกรานได้สำเร็จ แต่หลังจากการต่อสู้อันดุเดือดนั้นเขาก็ได้เสียชีวิตลง 50 ปีต่อมา ในปี 2022 เขากลับฟื้นขึ้นมาอีกครั้งในร่างของวัยรุ่นคนหนึ่งชื่อ คุซานางิ มินาโตะ ยิ่งไปกว่านั้น สันติภาพยาวนานกว่า 50 ปี ทำให้พลังเวทมนตร์อ่อนแอลงอย่างมาก แต่สันติสุขนี้ก็ไม่ได้ยืนยาว เมื่อเหล่าปีศาจเริ่มหวนกลับมาอีกครั้ง อิชิคามิ มินาโตะในร่างของคุซานางิ มินาโตะจึงตั้งปณิธานว่าจะปกป้องชีวิตใหม่ของเขาและเผชิญหน้ากับศัตรูอีกครั้ง มาร่วมเป็นสักขีพยานการกลับมาของ จอมปราชญ์ในยุคสมัยใหม่นี้กัน!