第二次世界大戦初頭、ナチスドイツ海軍最強戦艦と呼ばれた“ビスマルク” その存在だが、当時、戦局を一変させるとされる「未知の兵器」を搭載していたという。 だが、それが何であったのかは、今もなお明らかになっていない。 ビスマルクは、英国海軍との死闘で深海に沈み、その兵器もまた、海の闇へと消え去ったのである。 だが、最近になって、ある国家の諜報機関が驚くべき情報を掴んだ。 “ビスマルク”の沈没地点付近で、異常なエネルギー反応が観測されたのだ。 長らく封じられていた禁断の兵器が、再び動き出そうとしているのかもしれない。 数々の並行世界を管理する神々が住む国、高天原の最高神である天照女神は、直ちに調査を決定し、極秘裏に一隻の潜水艦を派遣した。 その名は「伊号４００」、大東亜戦争最終にて建造された伊４００潜水艦を大改造して、熱核融合動力機関と必殺必中兵器である“武御雷神の矛”いわゆる“荷電粒子砲”を搭載した最強の潜水艦。 艦長を務めるのは、冷静沈着な指揮官『日下敏夫』少将。 彼とその精鋭クルーは、深海5000メートルに沈む「ビスマルク」へと向かうこととなった。