異星金属生命体ベイグラントの地球来襲を機に自然発生した星の抗体ユリン。ユリンと一つになることで得られる戦乙女の力の恩恵で、人類はなんとか滅亡を免れていた。 ベイグラント対策機構リリウムにスカウトされた幼馴染みの舞姫を追ってリリウム入りを目指す主人公の改だったが、リリウムは男子禁制のため門前払いを受ける。そんな矢先、彼は落ちこぼれのユリンの少女シィと出会い、この出会いが二人の運命を変えていく。