今から数世紀後の日本にて活動する史実調査連盟《ヒガンバナ》に所属する主人公・柊聖美（ひいらぎ さとみ）は、連盟から世界中の歴史に遺された "空白の三世紀" の調査を命じられる。仲間と共にタイムスリップすると、そこには到底歴史に遺せないような無惨な事実が広がっていた。