王立アルセリア魔法学園。 それは王国中の才能ある若者たちが集う、最高峰の魔法学園。 平民出身の少年、ノクト・レイヴンもまた、その門をくぐった一人だった。 少し抜けていて、明るくて、どこか放っておけない性格のノクト。 だが入学試験で行われた魔法適性測定で、彼は誰も見たことのない結果を叩き出す。 ――該当項目なし。 属性適性なし。 魔力量測定不能。 前例なし。 教師たちですら説明できない異常な結果。 それでもなぜか入学を許されたノクトは、個性豊かなクラスメイトたちと共に学園生活を送ることになる。 明るく世話焼きな少女リシア。 無口で本好きなミア。 自信家の貴族ヴァン。 将来の英雄候補と呼ばれるアレス。 新しい仲間たちとの出会い。 授業や実技試験。 寮生活。 星獣との戦い。 王都での賑やかな日々。 だがその一方で、ノクトの周囲では時折説明のつかない違和感が起こり始める。 ほんの一瞬だけ訪れる静寂。 読めないはずの文字。 理解できない感覚。 そして、誰も知らない空の彼方で生まれる小さな揺らぎ。 魔法を学ぶはずだった少年が、知らぬ間に世界の常識から外れた場所へ足を踏み入れていく。 これは、測定不能と診断された一人の少年が送る学園生活の物語。 そして、誰も知らない世界の秘密へと繋がる物語である。