異界と地球が繋がってから五十年。 魔法、亜人、異界の生物たちは、もはや特別な存在ではなくなった。人々は異界の力を利用し、文明を発展させながら、新たな時代を生きている。 そんな世界で、柊透（ひいらぎ とおる）は、どこにでもいる「普通」の高校生だった。成績も中の中。運動もそこそこ。友達もそれなり。良くも悪くも何もない、平凡な毎日を送っていた。 だが透は、心のどこかでずっと思っていた。 「何か、特別なことが起きないだろうか」と。 ある日、透は路地裏で出会った謎の老婆から、一本のペンとメモ帳を渡される。 半信半疑で「何かいいことが起きますように」と書いたその瞬間、クラスで次々と異常な出来事が発生する。誰かに幸運が訪れるたび、その裏で別の誰かに不幸が降りかかる――。 自分がとんでもない力に手を出してしまったことを知った透は、冥王市の片隅にある便利屋「全助」を訪れる。 そこで出会ったのは、金髪でノリが軽く、冗談ばかり言う同年代の少女、ミリア。 「大丈夫大丈夫。不幸が来ても、私が守るから」 明るく笑う彼女の正体は、かつて異界で《穿界の魔女》と恐れられた最強の魔法少女、ミリア・ノクスレインだった。 普通の高校生と、元最強の魔法少女。 二人の出会いが、冥王市の日常を大きく動かしていく。 これは、「幸せとは何か」を知らない最強の魔法少女が、仲間たちと共に本当の幸せを見つけていく物語。 そして、平凡な少年が初めて「特別な日々」に足を踏み入れる物語。