女子大生の芽生（めい）と澪（みお）。2025年夏、芽生は親友であり恋人の澪が失踪し、セオドア症候群と呼ばれる謎の病と、それを隠蔽する巨大企業ABラボの闇を追う。 物語は、2025年8月15日から11月初旬にかけて進行し、夏から秋の季節感を背景に、切なさと希望が交錯する。芽生は、澪の「銀河の日記」や星型ペンダント、QRコード、USBメモリから、ABラボのセオドア症候群実験と澪が「M-17」として被験者にされた可能性を知る。奥多摩の森での「健康診断」や品川施設C棟の隔離室C-3、藤堂博士とスターの関与が浮かび上がる。芽生は、ABラボ本社のサーバールームに潜入し、藤堂博士の個人コードを入手。品川施設C棟で澪を救出し、スターの追跡を振り切る。二人は再会の喜びを分かち合い、澪がC-3で受けた実験（薬の注射、監視）を語る。芽生はスターと藤堂博士との最終対峙を決意。「セオドア症候群：最終報告書」と「生物兵器開発」のデータを入手し、Xで公開。データの暴露により、ABラボへの捜査が始まり、スターは逃亡、藤堂博士の計画は崩れ始める。 最期の願いでは、澪がセオドア症候群の副作用で余命半年と告白。芽生は残された時間を共に過ごすことを誓い、澪の願いである奥多摩の森やテーマパークへ行く。澪の病状が進行し、話せなくなる中、芽生はペアリングの秘密（QRコードとチップ）にたどり着く。 そこには澪の記憶バックアップと藤堂博士の治療薬試作品データが隠されていた。芽生は治療データを公開し、澪や他の被験者の命を救うことを決意。澪の命が消えかかる中、芽生は「永遠」の約束を胸に、彼女のを握り続ける。 澪の命が尽きる直前、澪の手元にペアリングをはめ、芽生は「来世でも結婚しよう」と約束する。