星乃湊は、二十歳の誕生日に実家の地下へ連れて行かれる。 そこに眠っていたのは、二千年前に日本列島へ不時着したという異星の宇宙船だった。 星乃家はその船を守り、宇杜家はもう一隻の船を政府へ託し、天宮家は理由も失われたまま星乃家を見守り続けてきた。 だが、誰も真実を知らない。 技術も、言語も、歴史も失われたまま、三つの旧家と政府は互いを恐れ続けている。 そんな湊の前に、宇杜家の少女・澪が編入生として現れる。 彼女の接近は偶然か、それとも任務か。 地下に眠る星、失われた伝承、国家の思惑。 二千年続いた沈黙の果てに、湊たちは「真実」ではなく「未来」を選ぶ。