辺境の村で女魔導士ルビィに育てられたライト・ブライトは、その年齢では考えられない実力を持っているが、本人はそれに気づいていない。ある日、ルビィの友人サファイア女史が訪ねてきて、ルビィに魔法学校『グランスペル学園』の理事長になってくれと頼み込む。 しかし何を思ったかルビィは、「自分の代わりにライトを理事長に」と言い出し、サファイアもそれにノる。こうして表面的には生徒として編入し、『隠れ理事長』として魔法学園に行くことになったライトは、まず編入試験を受けることになる。しかし、その校門で教師に追い出されそうになるライト。その窮地を、赤い眼鏡の少女リオナが助けてくれた。 編入したライトは秘書のエメラルダのサポートを受けつつ、『隠れ理事長』と一生徒として学園をよりよくするために奔走する。そして正体を知らないクラスメート・寮の同室のヤンや、密かに気になるリオナらとともに、ライトの学園生活が始まる！