「神器」それは、人類が邪種に対抗するために生み出した唯一の力。適性を持つ者だけが扱えるその武器は、世界の秩序と人間の価値を決めていた。神器科のある高校に通う少年・楓は、戦う才能を持たない「普通科」の生徒。 自分には無縁の世界だと割り切って生きていた。 だがある日、立ち入り禁止の演習区域で、災害級邪種《レベル5》に遭遇してしまう。 親友を救うため、楓が手にしたのは――起動できないはずの“灰色の神器”だった。事件の裏では、正体不明の組織が暗躍し、さらに彼の前には“700年の眠り”から目覚めた謎の少女・ミアが現れる。冷徹な美少女転校生として楓の学校へ現れた彼女は、なぜか楓に異常な執着を見せ始め―― これは、世界の理から外れた少年が、 灰色の剣と共に、世界の過去へ踏み込んでいく物語。