小国リスティア王国の王女エリシアは、宗主国である帝国へ留学することになる。

将来は帝国貴族へ嫁ぐことを前提とした、半ば人質としての留学。
だが、自然豊かな小国で育った彼女には、帝国すら持たない薬学知識があった。
流行り病、貴族優先の医療制度、切り捨てられる平民。

帝国の歪みを知ったエリシアは、小さな知識と記録を武器に、人々を救い始める。
やがてその力は、帝国の政治すら動かしていくこととなり…。

これは、辺境の薬姫と呼ばれた一人の王女が、帝国を変えていく物語。