「感情など、設計図を乱すノイズに過ぎない」

成績優秀、冷静沈着。学園のあらゆる事象を裏から操る『シャドウ・アーキテクト』こと、荒木倫太郎。彼には誰にも言えない秘密があった。それは、あまりに致命的な「二つの弱点」。

一人は、計算不能な暴走特急・水希葵。
もう一人は、氷の微笑を湛える天才・上条奈々。

完璧な理論で武装した少年の日常は、予測不可能な二人の少女によって崩壊していく。
完璧主義者の設計者が最後に描くのは、勝利の計画か、それとも――。