東京で大爆発が起きてから数十年。 人類は災害現場にあった、新たなエネルギーを確認。 一方、魔法による犯罪「幻覚犯罪」が横行。年々とその被害者を増やしていく。 政府はそれを問題視し、同じ「魔法」に適応する素質を持つ者――魔法少女たちを集め、立ち向かっていく。 普通の高校生――本田 芽依もその一人。 そして、文字通りの「最強」魔法少女だ。 これは、愛に翻弄されるものたちの物語。