ＲＥＣシステムと呼ばれる、的確な行動予測と人間の脳機能向上を促進する仕組みによって管理された２０８０年の日本。　 　国内は１０のエリアに区分けされ、ＲＥＣシステムの要、マザーコンピュータ『セフィロト』によって、分割統治されていた。　 　旧東京都は、エリア３と名を変え、その都市でかつて起こった国内同時偶発テロによって孤児となった二階堂アラタは、ＲＥＣシステムの効能によって特異な能力を付与された人間が通うエリア３の高校、神園学園に通っていた。 　ＲＥＣシステムとの接続障害、受信不全症を患うアラタは、ある日、エリア３管理者の少女三園マイと神園学園校長東神凍耶によってＲＥＣシステム妨害アプリ、ファンクションコントロールを使用したテロ行為阻止に協力するよう依頼される。障害を理由に渋るアラタに対し東神は、受信不全者用に開発されたディスチャージデバイスを手渡す。揺らぐアラタだったが、突如学内に現れたテロの首謀者四ノ宮雅に促されるまま、世界の根幹に手を伸ばすこととなる。