十年前、世界中に多くのダンジョンが現れた。 現在では民間人が潜れるようになり、特殊な鉱石の採取や動画の配信などで稼ぐ者を探索者と呼んだ。 平凡な高校生活を過ごしていた名郷真澄（なごう ますみ）はある日、自宅の庭にできた大きな穴を発見する。内部は暗い洞窟でダンジョンだとすぐに判断した。 そこには意志が垣間見えるスケルトンが存在し、恐怖心で逃げるだけの日々が続く。しかし一週間後、自分がスケルトンの姿になってしまい……？ スケルトンとの出会いを機にダンジョンを中心にした日常が始まる。世界を巻き込む騒動へ首を突っ込むことになるとも知らずに。