『新府東京』――15年前、突如として発生した『東京陥落事件』により、新たに築かれた日本の首都。 　そしてその『東京陥落事件』は25年前、東京湾上空に現れた異界の門を介し降り立った『異界人』らによって発生した……とされている。 　零士五郷は、異界人の父と人間の母のもとに生まれたハーフであること、そして父は既に亡き者であることを除けば、普通の男子高校生。 　あの『事件』により異界人の血を持つ者は殺害対象となるこの世界で生きていくため、異界人であるという身分を隠し暮らしていた。 　高校1年最後の学校帰り、五郷はいつも通り家に帰ると突如、治安維持組織『警安局』の職員が家に詰めかけてきた。目的は、異界人である五郷の逮捕。 　五郷は母を連れ逃亡を試みるが、東京という都市はあまりにも無情で――。