近未来の日本では、人々は体に刻まれたコードによって特殊能力を扱う時代となっていた。多くは後天的に刻印を受けて力を得るが、ごく稀に生まれつきコードを宿す先天性コード能力者が存在し、国家機関である特殊コード管理局の監視対象となっている。 主人公・灰原透は、高校に通う普通の少年。しかし彼の体には、生まれつき正体不明の先天性コード**NULL（ヌル）**が刻まれていた。NULLは周囲のコード能力やシステムを“無効化”する危険な力であり、透はその存在を隠して生きていた。 ある日、下校途中にコード能力者を誘拐する犯罪集団に襲われた透は、身を守るため思わずNULLを発動してしまう。その反応を監視センサーに感知され、透は特殊コード管理局に拘束され、極秘監獄**ABYSS（アビス）**へ送られる。