西暦から時代は変わり神元紀元(G0)、世界は神の存在を科学的に観測した。
その発見を巡り、人々は二つに分かれる。科学の力で神の力を解析し制御しようとする「テクノフォース」と、信仰によって奇跡の力を得ようとする「神徒連盟」だ。
十四歳の少年、天城アラタは科学の力と父と共にテクノフォースに関わる。
一方、幼馴染の月城ユイは神に希望を託し、神徒連盟へ身を投じる。
かつて共に過ごした日常の思い出を胸に、二人の少年少女の運命が、次第に交錯していく。