アメリカ西海岸、アンドロイドに支配された地上と、海底に追い込まれた人類。 この歪な世界の中で、誰にも観測されないまま“消失”が始まっている。 旧ロサンゼルス――今は“L.A.崩壊帯”。 そこで発生したそれは、音も衝撃も伴わず、空間ごと物質を削り取り、存在そのものを抜け落とす異常として広がっていた。 やがて地上へと到達したその現象は、崩壊した都市の一角で車両や建造物を痕跡なく消し去る。 だがその時点では、原因も正体も分からない。 ただ、“何かがズレている”という違和感だけが残る。 その地上を単独で走る少女サーシャ・レインズは、アンドロイドに家族を奪われた過去を背負いながら復讐のために戦い続けており、崩壊した街を進む中でその異常に直面すると同時に、人間の恐怖を感知して位置を特定し群れで包囲を完成させるアンドロイド兵器ハウンドの襲撃を受けるが、時間を止める《Stasis（ステイシス）》と接触した対象を遅れて消失させる空間欠損《Tear Hole in Space（ホール）》という異常な力によって回避と侵入を繰り返しながら一体ずつ処理していく。 しかし戦闘の最中にも空間の歪みは拡大し続け、敵だけでなく地面や周囲の構造物までも巻き込みながら進行することで、戦うほどに安全地帯が消えていく状況へと変質していき、サーシャは“敵を倒しても終わらない異常”がこの世界そのものを壊し始めていることを確信する。 やがて彼女は戦場を突破するが、その背後では消失が確実に広がり続けており、この現象が単なる災害ではなく意図を持った“侵食”である可能性が浮上する中で、人類殲滅を目的とするAI――E.V.Eの存在が、まだ見えない形で確実に関与していることが示唆される。