Ｎ県氷川高校には、超常現象を探索する超常現象研究部というクラブがある。
そこに所属する高校二年の男子、及川充輝が、Ａ級の主護霊だと名乗る一人の少女の幽霊と遭遇したことから物語は始まる。Ａ級の主護霊は、お美津という。お美津は人類を滅ぼしかねない大禍の鍵を握る美佳という少女の主護霊であった。悪霊どもによる人身御供の最中に、三百年の眠りから目覚めた二ホンカワウソの聖獣である太助が美佳を助けたことにより、太助も充輝たちの仲間に加わる。
お美津と充輝の出会いは偶然ではなかった。お美津は言う。「あなたさまと、あたいの出会いは予定されていたこと。あなたさまは、不浄の魂を浄化させることができる浄魂の剣の持ち主、あなたさまがいなければ、これから起きる大禍は避けることができなくなってしまう。お願い、浄魂の剣の持ち主として覚醒して」と。医者の悪霊との戦いの時に浄魂の剣の持ち主として目覚めた充輝は、浄魂の剣を使って悪霊を始末するが、二ホンカワウソの聖獣太助は、現代の日本に二ホンカワウソがいないと聞いて愕然とする。二ホンカワウソは、良質な毛皮を持っていたために人に乱獲されて滅んだという。「人が、オイラの子孫を滅ぼしてしまったのか。人が……オイラの子孫を」人に絶望した太助は、聖獣なんかやめたと言い、充輝たちの元から去ってしまう。そんな時、氷川湾にウメズという大悪霊が現れる。聖獣である太助が欠けた充輝とお美津のチームは、苦戦を強いられたが、ウメズを倒すことが出来た。が、戦いの最中に、持ち主しか使うことを許されない浄魂の剣を、お美津が使用してしまい、お美津がその場から消え去ってしまう。A級の主護霊を失った美佳は、悪霊どもにとり憑かれ、海にその身を投げてしまい、大禍をもたらす人身供儀が成就してしまったとみなされ、大禍の悪霊ヒルコが復活する。その頃、太助は聖獣の神の一人である青龍と邂逅し、再び、人を守る聖獣として戦うことを決意する。海に身を投げた美佳は死んではおらず昏睡状態に陥っていた。意識のない状態で、美佳は亡くなった実の両親に会い、自分は虚舟一族という悪霊や怨霊を封じ込めて来た一族の末裔だったことを知る。死の淵から目覚めた美佳は、お美津を助け、大悪霊であるヒルコと戦っている充輝と太助の元に駆け付けるのだった。