「人間の感情なんて、所詮は複雑な化学反応に過ぎない」 高校二年生の結城 雫（ゆうき しずく）は、不確定な感情よりも、決して裏切ることのない化学と論理を愛する少女。彼女にとっての世界は、すべて方程式と物理法則で説明できるはずだった。 しかし、密室となった放課後の理科準備室で起きた「不可能犯罪」と、それに隠された同級生たちの不器用な嘘が、雫の静かな日常を揺るがしていく。 「どうしてこんな非論理的な真似を？」 化学の知識と鋭い論理的推論（ディダクション）で物理的なトリックを暴く雫。だが、事件を解き明かすたびに、計算式では導き出せない「人の心の機微」という不可逆な反応に直面することになる。 これは、心配性で論理武装した少女が、謎解きを通して「感情」という未知の物質に触れ、少しずつ世界の色を変えていく物語。