「お、お……っ、お……」 高校一年生の汐里（しおり）の喉には、 冷たくて重い石が居座っている。 伝えたい言葉は、頭の中に溢れるほどある。 けれど、それを伝えようとした瞬間に、世界にはいつも「三秒の静寂」が訪れる。 「おはよう」すらまともに言えず、クラスメイトの「残酷な優しさ」に傷つく日々。 そんな彼女の唯一の聖域は、匿名で投稿する小説サイトと、想いのすべてをぶつける一冊のノートだった。 ノートの中なら、私は誰よりも自由に喋れる。詰まることも、言い淀むこともなく、愛だって叫べる。 けれどある放課後、その「本当の声」を、クラスのムードメーカー・湊（みなと）に見られてしまい――。 これは、心とはぐれてしまった少女が、三秒を待ってくれる少年と出会い、ペンと勇気で自分の世界を塗り替えていく物語。