アルケリア連邦軍は、ノヴァコロニー自治連合に占拠された月面都市グラナダの奪還作戦を開始する。エリオ・グランツ率いるファントム小隊は、防御Iフィールドを突破するための特殊作戦を任され、戦略兵器《セラフィムブラスト》破壊のため出撃する。 しかし作戦は、突如出現したサイコガンダムによって混迷を極める。さらに敵モビルスーツ部隊も参戦し、戦場は激化。セラフィムブラストの起動が進む中、エリオたちは限られた時間の中で決断を迫られていく。 一方、地上では戦闘の裏側で動く兵士や作業員たちにも、それぞれの過去と傷が存在していた。月面都市グラナダを巡る戦いは、やがて多くの人間の運命を巻き込んでいく。