二十二世紀後半。酸性雨が降り注ぐ極東の巨大都市「ネオ・エデン」。 そこでは、物質や記憶がデータのように消失する「侵食（イロージョン）」という怪現象が静かに進行していた。 レン・カシマは、この侵食の深淵へと潜り込み、その核を破壊することで世界の解像度を繋ぎ止める特殊技能者《ダイバー》だ。 管理された平和、繰り返される均質な日常。 すべてが「正しい」とされるこの社会で、レンはただ任務を遂行することだけが自分の存在証明だと信じていた。 そんなある日、レンは死の領域である深度四の空間で、謎の少女アリスと出会う。 彼女との接触を機に、システムはレンを致命的な『バグ』と認識。中枢プログラム《プライム・エディター》による、苛烈な『抹消（パージ）』が開始される・・・。