舞台は、山海と四季豊かな巨大な列島国家――葦原 千年続いた王朝は崩壊し、各地の大名たちが覇権を争う「戦乱の世」となっていた。古来より山野には「荒魂獣（あらみたまじゅう）」と呼ばれる巨大生物が棲み、人間はそれを神として恐れ、信仰の対象としていた。しかし長引く戦乱の世で荒魂獣への信仰心は薄れ、人々は荒魂獣を武器や家畜として利用し始めた。 その葦原にて、水ノ國を治める大大名信長は天下布武を掲げ、全国へ領土拡張の野心を広げていく。信長率いる水ノ國に対抗するは武田信玄率いる火州国と上杉謙信が支配する北溟国。そして比叡山脈を支配する旧王朝残党：天嶺幕府。 天下統一をめぐり列島各地が戦乱の渦に巻き込まれていくなか――。 水ノ國、辺境の山地に建てられた開拓村が未知の荒魂獣により、村人の殆どが虐殺事件が発生した。たった一人の生き残った少女によって、判明したその大事件の知らせは、名古屋城に暮らす信長の耳にも届く。大事件を起こした謎の荒魂獣の捜索と討伐のため、信長は狩奉行所に事件の解明と解決を指示。狩奉行、林秀貞は旧トキ村跡地に「トキ狩奉行出張所」を設置。事件解明のため、水ノ國各地にいる荒魂獣を専門に狩猟する者たち「侍」を集う。その呼びかけにある一人の侍を志す男がトキ村へと向かった。