島で孤独を感じていた少年・ゆうすけは、干潟での探索中、不思議な女性・結（ゆい）と出会う。満潮から救われ、彼女の家で泥を洗い流したゆうすけは、自身が「無意味」だと切り捨てた小さな貝を共に味わい、「物事の意味は終わってみるまでわからない」という教えを受ける。この心温まる交流を「二人の秘密」として胸に刻んだゆうすけは、やがて島で新しい友人を得て、孤独を乗り越えていく。