西暦2127年。社会機能のほぼ全てをAIに委ねた日本で、AIには決して映らない存在がいた。霊障――肉体を得られなかった魂が、この世に残した怒りと恨みの塊だ。 両親を霊障で失った沙庭命、20歳。AIに「生体反応なし、処置不要」と切り捨てられたあの夜から、彼女はAIを信じることができなくなっていた。 成り行きで加入した霊障対処組織「ヤマトタケルノミコト」で、彼女は前代未聞の鬼級霊力者として2番隊隊長に抜擢される。無愛想な副官・五十嵐、豪快な狐火、明るい新太郎、面倒見の良い柊このは、狂気の九条——個性豊かな仲間たちと共に、沙庭は霊障と戦い続ける。 だが、元隊員・有村聖の出現が全てを狂わせる。霊体操作という異能を持つ彼は、超級霊障を次々と生み出し、仲間を奪い、組織を追い詰めていく。そして沙庭は知る。両親を殺したのが有村であること。自分もまた、違法研究によって作り出された存在であることを。 ヤマトは正しいのか。AIは正しいのか。答えのまま戦い続けた彼女が、最後に選んだのは——。