アルカナ魔術女学園高等部二年の倉橋ルカは、箒も満足に飛べず、魔法も暴発ばかりの“落ちこぼれ魔女”。周囲に呆れられ、補習の常連になりながらも、本人はどこかのんびりと学園生活を送っていた。そんな彼女にはひとつだけ、誰にも言っていない特技がある。失敗した魔法の痕跡から、術者が何をしようとしたのかを読むことができるのだ。 ある日ルカは、立入禁止の旧資料棟で、学年首席の優等生・九条セレスが誰にも隠れて召喚魔法の研究をしている場面を目撃してしまう。秘密を知った代わりに、放課後ごとに研究を手伝うことになったルカ。冷たく完璧に見えたセレスの不器用な一面や、旧資料棟に棲みつく白い毛玉の魔法生物モコの存在に触れながら、二人の距離は少しずつ変わっていく。 落ちこぼれ魔女と優等生。交わるはずのなかった二人の、秘密の放課後が始まる。