硝石晶と呼ばれる神秘のガラスによって文明が発展した世界、ヴィトラリス。 少年リュド＝グラスフェルドは、硝子細工の才能を持ちながらも、15歳の儀式でグラセルに心を宿せなかった“空白”の少年だった。 ある日、リュドは祖父の工房の地下で、欠けた硝子の少女ネリィを見つける。 記憶を失った彼女の体は、失われたはずの奇跡の硝石晶――ルパーティアでできていた。 ネリィの記憶を取り戻すため、リュドは各地に散らばるルパーティアを探す旅に出る。 だがその影で、滅びたはずの組織デクラッシアもまた、黒き厄災ノクティルの欠片とルパーティアを追っていた。 1000年前に隠された神話。 失われた英雄の名。 そして、リュドとネリィを結ぶ謎。 心が形になる世界で、少年は忘れられた真実へと近づいていく。