舞台は３４年前の世界。世界のすべてを憎み、自分自身をも憎む碇ゲンドウの前に、謎の少年・渚カヲルが現われる。しかしその姿は、３４年後、彼の息子・碇シンジの前に現われた姿と、全く同じだった……。