世界は『ソースコード』でできている。 その設計図が見えてしまう男、朝霧遼（あさぎり・りょう）は、人知れず世界のバグを修正する『デバッガー』として生きていた。 ある夜、バグを修正した彼の前に現れたのは、銀色の瞳を持つ美少女、月城凛。 「私は管理端末。あなたの監視を開始します」 彼女は世界を管理する組織『クロノス』から送り込まれた、感情のない執行者だった。 しかし、遼との奇妙な同居生活、そして共にバグを修正する日々の中で、機械であるはずの彼女のシステムに『エラー（感情）』が蓄積されていく。 そして遼は、自分が失った記憶――ノイズの向こうに消えた「妹」の存在と、世界を修正する代償に奪われていたものの正体を知ることになる。 これは、世界の不条理に抗うデバッガーの男と、主君を裏切り『相棒』を選んだ機械の少女の、反逆と絆の物語。