地上が汚染され、人々が地下都市〈ジオフロント〉で暮らす世界。 頭に花を咲かせる植物化は「穢れ」と呼ばれ、発症者は恐怖と嫌悪の対象となり、見つかれば処分される。 ある朝、平凡な職員ハルトの頭に突然、黄色い花が咲いた。 同僚に拒絶され、街では恐れられ、管理局に追われる。逃げ場を失ったハルトは、ジオフロントの最下層へと落ちていく。 そこで出会った者は、赤い花を咲かせた少女だった。 植物化とは、ジオフロントとは、そこで暮らす人々とは。 ジオフロントの奥底でハルトは真実を知る。