西暦2085年。 気候崩壊によって、 地上は灼熱と酸性雨に覆われていた。 富裕層は地下都市へ移住し、 地上には「適応できなかった人々」だけが残される。 古都・京都は、 観光都市からAI管理都市へ変貌していた。 治安を維持するのは、 京都警備新撰組隊―― 通称「黒狐部隊」。 九機のAI無人機動防衛兵器が、 街を静かに監視している。 そんな夏の日。 伏見稲荷大社 で暮らす少年ユウトは、 白装束の少女ルカと出会う。 彼女は、 存在を秘匿された試製零式の唯一適合者。 そして、 未来から来た「人類保存AI」だった。 ルカは告げる。 「人類は、もう一度選ばなければならない」 地下都市による完全管理社会か。 地上で不完全に生き続けるか。 あるいは、 全く新しい未来か。 黒い雨が降り始める時、 京都で、 人類最後の選択が始まる。