灰色の空。 毒に侵された海。 文明が死に損なった世界――灰域。 政府軍シェル兵・神代朔真は、レジスタンス掃討作戦の最中、“彼岸花”と呼ばれる謎の少女と遭遇する。 赤い刃を持ち、生身でパワードスーツを破壊する化け物。 だがその剣筋に、朔真は見覚えがあった。 それはかつて、夕焼けの道場で共に剣を交えた少女――澪のものだった。 十年前。 大規模化学テロ《川崎灰海事件》。 その生存者だった二人は、政府の第七研究施設へ回収されていた。 人体強化。 記憶操作。 人類存続のための非道な研究。 戦場で再会した二人は、敵として刃を交える。 世界を生かすために戦う者。 世界を壊すために戦う者。 灰色の戦場で、二人はやがて人類の未来そのものを巡る戦いへ巻き込まれていく。