超国家的秘密組織「秘密の花園」の日本支部長である主人公の使命は、魔法少女と邪精霊の戦いを一般市民から隠蔽すること。 ある日、魔法少女の戦闘跡で、東京郊外に直径５kmの巨大クレーターが出現した。 世界中の支部長たちが緊急会議を開き、隠蔽工作の案が飛び交うも、どれも現実味がなく却下され続ける。 最終的に「隕石落下」という苦肉の策でまとまりかけたその矢先、魔法少女たちの戦闘映像がSNSに大量拡散しているという新たな危機が舞い込んできた。 そこに、 「こんなこともあろうかと」 そう言って颯爽と登場した技術部長の真田さんが――。