大学受験に失敗した由乃朋美（よしのともみ）は春からのひとり暮らしをきっかけに、新たなバイト先を探し始める。そんな彼女が見つけたのが、『童呼原（どこはら）野生生物管理センター』というなぞの研究機関だった。面接で施設を訪れたとき、朋美は大きな頭に小さな手足を持つ、まるで人形のような不思議な少女を見かける。女の子の正体は、『イマジナリー・モンスターフレンド』と呼ばれる魔物が少女化した姿であった。朋美はセンターの若き最高責任者、万条目試（まんじょうめためす）と出会うが、少年は逃げ出したフレンドを追いかけている最中だった。なし崩しに彼と協力し、朋美は『マミ』と呼ばれるフレンドの行方を一緒に追いかけていく。 　訪れたのは【迷宮庭園】と呼ばれる生垣で作られた迷路であった。その場所を縄張りとしているミノタウロスのフレンド『ミノタさん』、そして泣き女のフレンド『バンシーちゃん』の力を借りて、マミが墓場にいることを知る。二人が墓場へとたどり着いたとき、マミの姿は人間の少女のように変化していた。このままでは魔物へと変わってしまう。あせる試を制して、朋美が自らが変わってフレンドを助けると宣言した。訝る相手を置いて、マミの傍へと近づく。そして、彼女が試に恋していることを察した朋美は、それは何もおかしなことではないことを告げ、フレンドを救い出す。すべてを無事に解決した後、朋美は試に向かって、自分を採用するかどうかを自分の言葉で語ってほしいと迫った。 　時が移り、バスに揺られながらセンターへと向かう朋美は研究所の建物を視界に収めながら、今日もフレンドたちと過ごす一日が始まることを実感した。