西暦2384年、人類は銀河間航行を可能にした未来社会。だが、銀河各地で不可解な「時間の歪み」が報告される。
若き天才技師・カナタは、宇宙ステーション「クロノポリス」に配属され、時空異常の原因を調査する任務に就く。
やがて彼は、時間の流れに置き去りにされた「忘れ子」と呼ばれる存在たちと出会う。彼らは自らの存在理由を知らず、消滅の危機に瀕していた。
カナタは人類と忘れ子たち、そして宇宙そのものの未来を賭けた、時間を操る壮大な謎解きに挑む。