人類は巨大隕石が落下した近未来の地球で環境の激変と人間同士の新たな生存競争、人間に敵対的な生物カラー・エフェクト・モンスター通称ＣＥＭと戦っていた。 　日本は北海道を支配する天津、本州の大部分を支配する大阪、九州を支配する大和の三つに分かれ、各々が己の思想の元に日本を再統一しようと戦っていた。 北海道に建設されたコロニー国家『天津』。 孤児院出身の指揮官プラーズ・ペイント特務中尉。 彼はかつての大阪に対する作戦で二足歩行戦車・カラーギア、愛機のダイダロスを駆り、戦果を上げた。 しかし姉を守るために帰還の命令を無視してＣＥＭの最強種と戦闘。 結果、彼が女神の如く慕う姉の禊雫を大阪に奪われる。 彼は誓った。大阪に取り込まれた姉の最後の願いを叶えると。 私を殺して。プラーズの姉を殺すための戦いが始まった。 天津へ戻った彼は特務中尉への昇進と新たな部隊への異動、極秘任務が与えられた。 期間は一年、プラーズは己の目的の姉の願いを叶えることに利用するため少女の育成を開始、またＣＥＭ研究者のレオと引き合わされ、怪しさを感じながらも協力する。 プラーズは少女を教え導く中で命の尊さを学び、生きること、想いを繋ぎ、残すことを考えるようになる。 作戦の日、成長した五人の少女たちと共に大阪の拠点へ潜入、敵となった姉とダイダロスを相手に死闘を繰り広げる。命を賭した全員の奮戦によって姉を救った矢先、かつて対峙したＣＥＭの最強種と遭遇、全てを出し切って辛勝した。 だがそこへレオが現れる。彼は同じ孤児院出身で、プラーズに夢を壊されたことを恨んでいると明かした。さらに自分の優位を証明すべく同じく兵器化した少女を従え、差し向ける。そして命を尊ぶことの差が命運を分け、因縁の勝負は決着する。 天津に帰還したプラーズは姉の生存を報告せず、存在を黙殺することで姉の願いを叶える。 　そして一年後、想いは、今は亡き少女から新たな少女たちへと継承された。