地球ではないとある惑星での話。人類がその惑星に入植して約６8０年、人々は生きるために日々必死に活動領域を広げ、文明の再構築に励んでいた。その惑星では、三つの勢力が諍いを起こしていた。入植以前の文明を再興しようとする『フロンティア』、惑星の生体に順応した『アクセプター』、入植舟『箱舟』の管理者達『防人』。フロンティアの元軍人であるホロウ、そしてその勢力争いの中で全てを奪われた少女、ターナは世界の悲劇の根源を追っていく。