人と関わることを避けて生きてきた陰キャの天才・神代湊は、事故により命を落とし、異世界へ転生する。 平民の少年アルトとして生まれ変わった彼は、物の構造や本質を瞬時に見抜く“解析”と、それを再現・改良する“創造”という能力を手に入れていた。 しかし魔力測定では最低ランクの「E」と判定され、周囲からは“最弱の落ちこぼれ”として扱われてしまう。 力を隠しながら生きることを決めたアルトだったが、王立魔法学園で一人の少女と出会う。 無口で感情を表に出さないその少女――フィアナだけが、彼の本質に気づいていた。 誰にも理解されなかった少年と、すべてを見抜く少女。 二人の出会いをきっかけに、“最弱”と呼ばれた少年の運命は静かに動き出す。