13歳の西堀慶時（にしぼり・けいじ）は自身が通う中学校の「開かずの教室」で過去に卒業生たちが謎の実験授業を受けていた事実を突き止める。だが、それは太陽と地球を結ぶ「レイライン」、光の軸線を巡る壮大な物語の序章に過ぎなかった。